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日本电脑娱乐供应商协会（CESA）于9月22日发表2006年日本游戏大奖的“年度作品部门”与“独立制作部门”的得奖名单，并于同日开幕的2006年东京电玩展现场舞台活动区举行颁奖典礼。
日本游戏大奖由CESA主办，原称“CESA游戏大奖（CESA Game Awards）”，今年4月正式改名为“日本游戏大奖（Japan Game Awards）”，并将时间提前到与东京电玩展同步举办颁奖典礼。
日本游戏大奖的“年度作品部门”与“独立制作部门”是透过透过网路、邮件与手机等方式，由日本地区的玩家针对期间内（本届为2005年4月1日起至2006年3月31日）当地发行的各款游戏进行分项评选，并由选考委员会选出年度代表作颁给大奖的殊荣。而“未来部门”则是由东京电玩展参访者针对参与展出的未上市游戏进行现场投票，再由选考委员会从票选出的名单中选出代表性作品。
◆ 年度作品部门 任天堂是最大赢家
年度作品部门奖分为大奖、优秀奖、最佳销售奖、全球奖与特别奖等项目。大奖由NDS的《脑力锻炼》以及PS2的《Final Fantasy XII》获得，前者以创新的活化脑力为出发点，开拓了崭新的市场，在中高年龄层的消费者间造成一股旋风；后者则是以系列作最佳的画面表现、壮大的世界观、卓越的故事、无接缝式的战斗系统与音乐等各方面的高完成度，在玩家票选中获得压倒性的得票数与高评价。
优秀奖分别由NDS《欢迎光临 动物之森》、《电子鸡的小商店》、《任天狗》、《玛俐欧赛车DS》、PS2《王国之心》、《时空幻境 深渊传奇》、《魔物猎人2》、《人中之龙》、《汪达与巨像》等9款游戏获得。最佳销售奖由统计期间内卖出 251 万套的NDS《欢迎光临 动物之森》获得。全球奖日本作品部门由 NDS《任天狗》获得，全球奖海外作品部门由 PC《魔兽世界》获得。
特别奖则是由NDS《DS 英语能力训练》与PSP《魔物猎人 携带版 2nd》获得。在16个得奖名额中，任天堂就占了7个，是所有获奖厂商之最，其次则为SQUARE ENIX、CAPCOM、BANDAI NAMCO的两个并列第2名。如以平台区分，则以NDS的8个最多，其次是PS2的6个、PC与PSP各1个。
◆ 独立制作部门 个人创作者各展创意
独立制作部门是针对由个人制作者主动投稿的未商品化游戏来进行评选分为大奖与优秀奖，大奖由九州大学大学院系统资讯科学府的Jolly9所制作的手机游戏《5秒间的河童》获得，奖金50万日元；优秀奖则分别由PC《Cell_麻将》、NGC《Blow Wind》与PC《摩艾之巢》获得，奖金各5万日元。
◆ 未来部门期待游戏榜 PS3备受瞩目
CESA并于9月24日东京电玩展闭幕后，公布了未来部门的现场票选结果，本次共有11款游戏获选为本届东京电玩展中最受期待游戏，包括 PS3《跑车浪漫旅 HD》、《审判之眼》、《天堂之剑》、Xbox 360《蓝龙》、《失落的星球：极限状态》，PS2《圣剑传说4》、《时空幻境 命运传奇》、PSP《潜龙谍影 携带行动》、《魔物猎人 携带版 2nd》、Wii《能源小精灵》、NDS《逆转裁判4》等。
本届展出中最具话题性的PS3，本次共有3款由本家SCE制作的游戏获选，是获选游戏最多的平台；而以量少质精方式参展的CAPCOM，主摊位4款游戏就有3款获选，与SCE并列为获选游戏最多的厂商；任天堂Wii主机虽然没有参展，但是KONAMI的《能源小精灵》仍以专人示范方式获得参访者的青睐而获选；微软针对日本特别打造、现场反应热烈的 Xbox 360《蓝龙》，也如预期般获选。
